Все зависит от объема текста и словосочетаний. Считается в пропорции. Алгоритм примерно такой:
1. Допустим, есть ваш текст, плагиатус ищет похожий текст по словосочетаниям, которые в нем употреблены.
2. Если словосочетание совпадает с опубликованным текстом на странице сайта, программа выделяет его желтым цветом.
3. Затем проверяет остальной текст в статье на сайте на совпадения. При этом, если больше ничего не совпало с текстом на странице сайта, он пропускает его и идет дальше мониторить.

Добиться уникальности легко, если текст для рерайта исправлять через каждые два одинаковых слова подряд. Менять окончания, ставить причастные, деепричастные обороты вместо "который" и наоборот. Предложения с тремя подряд идущими одинаковыми словами плагиатус выделяет желтым цветом, независимо от точек, запятых и прочих знаков препинания. Однако для хорошей работы такие тексты не годятся, заказчик заметит, что текст переделан неглубоко. Если он требует глубокий рерайт, такая система не прокатит.

Частенько выдаются большие совпадения своего небольшого текста с курсовыми работами, рефератами (зависит от темы). Допустим, если ваш текст на 3000 знаков, а курсовая на 30000-50000 тысяч одной страницей, то выдаст большой процент совпадений, при этом, как ни крути, уникальности добиться трудно. Нужно смотреть в каждом случае индивидуально. Я пользуюсь старой версией, поэтому такие наблюдения. Может быть новая учитывает еще и объем со страницы на сайте. Не проверял.

А вообще, плагиатус — программа отличная, ею пользуются все и лучше пока ничего нет. Многие недостатки с проверкой, на мой взгляд, связаны с плохой связью с интернетом у пользователя, когда скорость скачет постоянно, и программе не удается "зацепить" возможные совпадения. И еще некачественной работой хостингов. Хотя, может это и не соответствует действительности.

Было бы совсем хорошо, если бы еще плагиатус показывал на самой странице сайта текст, в каком месте найдены совпадения. Бывает открываешь страницу, а там поди их поищи (текст на 20 кило). Может это возможно сделать.. Было бы супер! Хотя скорость работы программы, опять же, пострадает...